嘉靖元年(1522年)，喻茂坚任陕西巡按，负责调查总兵李隆唆使军兵杀害巡抚许铭一案，他秉公执法，将大有背景的李总兵绳之以法，并上疏建议在这里复设总督一职，他的奏疏为人传颂，人称“中兴第一疏”。喻茂坚先后任真定知府、河间知府、贵州左参政、福建按察使、浙江右布政使和陕西左布政使，足迹遍及大半个中国。无论在哪里，喻茂坚都兢兢业业。嘉靖二十四年(1545年)，奉旨查办楚愍王被世子朱英耀刺杀一案，他以国为重，不徇私情，秉公处死世子朱英耀。受到明世宗的赞赏，世称“汉廷老吏，当代法家”。嘉靖二十七年(1548年)，喻茂坚升任刑部尚书。他就任不久便发生了内阁首辅夏言被正受世宗宠信的奸臣严嵩倾陷之事，严嵩激世宗杀夏言以取而代之，在量刑时，喻茂坚敢于与炙手可热的严嵩碰硬，援引《大明律》中“议贵”、“议能”二条请贷其死，并向世宗进谏说：“人可以杀，但国体宜惜，”请世宗从尊重国格出发，不要做二百年来第一个杀宰相的皇帝。明世宗不听，于十月将夏言处死，并降罪喻茂坚为夏言开脱之责，除将喻茂坚与左都御史屠侨训斥一顿外，还罚他们的俸禄以示惩诫。喻茂坚见朝政已被严嵩党羽所把持，朝堂已无正义可言，于是他在完成《问刑条例》编纂工作以后，便毅然称病辞官，嘉靖二十八年(1549年)冬，辞官回到荣昌，创办尔雅书院，以诗书课后生。